Seegefrörne, wie es sie zuletzt im Winter 1962/63 gab, als der Bodensee in seiner Gänze zugefroren war, werden damit ebenso der Vergangenheit angehören wie die regelmäßige Schneeschmelze im Frühsommer, die den See mit Frischwasser füllte, prognostiziert auch Hans Mehlhorn, der Technische Leiter der Bodensee-Wasserversorgung. Dadurch droht auch in den Zuflüssen zum See Niedrigwasser. Denn im Winter soll künftig noch viel weniger Schnee als heute fallen; zudem schmelzen die Gletscher schneller als erwartet ab. Die Bodensee-Wasserversorgung will Klimbo mit einer eigenen Studie zum Klimawandel begleiten.
Dem Wasseraustausch der wärmeren oberen Schichten und der kälteren tieferen Schichten gilt das besondere Augenmerk der Wissenschaftler. Denn er garantiert, dass der See im Idealfall durchgehend etwa vier Grad kalt ist. Dadurch können sich untere mit oberen Schichten vermischen und frisches, sauerstoffreiches Wasser kann in tiefere Zonen gelangen. In wärmeren Jahren erfolgt diese wichtige Durchmischung nur teilweise oder gar nicht. So etwa im Winter 2006/2007, dem wärmsten seit Beginn der Wetteraufzeichnungen, als sich der See an der Oberfläche nicht ausreichend abkühlen konnte.
Mit Hilfe von Klimbo wollen sich die Wissenschaftler ein genaues Bild vom Wärmehaushalt des Sees sowie von den Mischungs- und Transportvorgängen in den Flachwasserzonen, den Flussmündungen und im Freiwasser machen. Dazu werden an festgelegten Orten im Bodensee regelmäßig Messungen vorgenommen und Proben entnommen. Auch Wasserflöhe und Algen sowie Felcheneier sollen periodisch untersucht werden. Anhand der Menge des Laichs seien Rückschlüsse möglich, wie die Tiere auf den Klimawandel reagieren.