Einige Flattr-Nutzer sehen aber auch Nachteile: Die Spendenhöhe für einen Beitrag ist nicht direkt beeinflussbar. Das heißt, dass es einem Spender nicht möglich ist, für einen sehr gelungenen Internetbeitrag mehr Geld zu spenden als für einen nur mäßig gelungenen. Leif Högberg von Flattr erklärt, dass die Einfachheit bei der Gestaltung des Systems Vorrang hatte. „Wir wollen den Fokus vom Geld wegführen. Das Wichtigste ist, dass der Inhalt honoriert wird, nicht wie viel Geld dafür gezahlt wurde."
Kritiker beklagen außerdem die fehlende Transparenz über die gespendeten Inhalte. Julius Endert schlägt mehr Kontrolle für den Nutzer vor: „Interessant wären Statistiken, die zeigen, wo welche Beträge entstanden sind. Und das System sollte auf andere digitale Medien ausgeweitet werden: Musik, Fotos, Videos." Laut Leif Högberg steht das bereits auf der To-Do-Liste von Flattr. Speziell die Einbindung bei Youtube könnte die Verbreitung des Modells beachtlich steigen, so hofft er.
Datenschützer haben BedenkenEin zweiter großer Kritikpunkt an Flattr ist der Datenschutz. Wann immer man auf einer Seite mit Flattr-Button landet, wird dieser Button mittels Java Script von Flattr.com nachgeladen und dabei ein eventuell vorhandenes Cookie im Browser des Anwenders gelesen. Das ist nötig, um einen späteren Klick auf den Flattr-Button einer Person zuzuordnen und damit den Geldtransfer einzuleiten. Allerdings könnte Flattr rein theoretisch mithilfe der Daten Surfprofile seiner Anwender erstellen. In den Datenschutzrichtlinien verspricht Flattr zwar, die gewonnenen statistischen Daten nicht mit persönlichen Daten zusammenzuführen und keine Daten an Dritte weiterzugeben, behält sich aber vor, die gewonnen Daten als „Asset" bei einem eventuellen Aufkauf von Flattr mit zu verkaufen.
Außerdem bringt Flattr für Blogger nicht nur Vorteile, sondern auch neue Hürden. Blogger, die vorher vergleichsweise frei und unabhängig publizieren konnte, betreiben durch die Nutzung von Flattr nun ein kommerzielles Angebot. Das heißt, sie müssen ein Impressum führen und dürfen viele Creative-Commons-Inhalte, also Inhalte, deren Nutzung der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt wurden, nicht mehr verwenden. Außerdem sind Spendeneinahmen ein Verdienst und somit steuerpflichtig.
Der Service wird ziemlich rege genutztErste Zahlen von Flattr zeigen, dass der Service trotz all dieser Nachteile erstaunlich rege genutzt wird - wenn er auch aufgrund des „Micropayment"-Gedankens noch keine wirklich großen Einnahmen für die Betreiber von Webseiten generiert. 5590 Mal wurden etwa die Texte des Onlineangebots der Berliner „Tageszeitung" im Monat Juni geflattert, dafür erhielt der Anbieter 988,50 Euro.
Mit Spendenzahlen von Flattr lassen sich auch erste Rückschlüsse auf das Nutzerverhalten ziehen. Zwar veröffentlicht Flattr bei weitem nicht alle Nutzerzahlen, doch die erfolgreichsten Teilnehmer haben ihre Einnahmen einer Analyse unterzogen. Im ersten Monat waren es noch Beiträge über Flattr selbst, die die meisten Flattr-Klicks erzeugten. Doch das hat sich längst geändert. Im Juni beispielsweise erzielte Tim Pritlove mit dem Podcast-Angebot „Chaosradio Express" 1739 Klicks - und damit das meistgeflatterte Angebot. 875,89 Euro konnte er auf diese Weise einnehmen. In dem Spendenerfolg sieht er vor allem eine Bestätigung dafür, wie wichtig es sei, einen kurzen Draht und vor allem eine persönliche Kommunikation mit der eigenen Community zu pflegen.